"In Rot über gesenktem silbernem Wellenbalken zwischen zwei goldenen Ähren drei, zwei zu eins gestellte, goldene heraldische Rosen mit roten Butzen." Aiterhofen war seit dem 15. Jahrhundert eine Hofmark, die sehr lange im Besitz der adeligen Familie Törring-Seefeld war. An das Wappen dieser Familie erinnern die drei (zwei zu eins gestellten) Rosen. Das Kloster St. Emmeram hatte seit dem Mittelalter starken Grundbesitz im heutigen Gemeindegebiet, weshalb die rote Tingierung (entsprechend der Hauptfarbe des St. Emmeramer Klosterwappens) gewählt wurde. Die beiden goldenen Ähren weisen auf die agrarische Struktur der Gemeinde hin, der silberne Wellenbalken symbolisiert die beiden Flüsse im Gemeindegebiet, Donau und Aiterach.
Link zum Haus der Bayerischen Geschichte: (Grundinformationen zur "Wappenkunde" - Heraldik)