Eine von ihnen wurde vor dem Bau der neuen Trasse der B 20 am Westufer der Aiterach, süd-westlich von Ödmühle ausgegraben. Das Dorf hatte eine Ausdehnung von 600 m x 200 m. Von seinen Häusern konnten zwei lange rechteckige Häuser durch Pfostenstandspuren festgestellt werden. Die Spuren der übrigen Gebäude waren durch Erosion und moderne Feldbestellung zerstört. Die aufgefundenen Häuser hatten eine Länge von 20 m bzw. 15 m. Man nimmt an, dass sich in diesen Häusern sowohl Wohn- und Schlafzonen aber auch Wirtschaftszonen einer Großfamilie befanden. Den agrarischen Rückhalt dieser Siedlungsgemeinschaft belegen Reste einiger großer Tongefäße, die für eine Vorratswirtschaft geeignet scheinen.

Wichtiger als die Siedlungsreste ist das zur Siedlung zugehörige größte linearbandkeramische Gräberfeld Deutschlands, mit insgesamt an die 260 Gräbern. Hervorzuheben sind einige Schmuckgrabbeigaben die aus einer Muschelart hergestellt sind, die nur aus dem Mittelmeerraum bekannt ist. Ebenfalls jungsteinzeitliche Funde und Befunde erbrachte eine weitere Grabung. Im Jahr 1997 wurden im Baugebiet „Am Kirchsteig“ ca. 10.000 m³ unmittelbar durch Baumaßnahmen bedrohter Fläche unter der Regie des Landesamtes für Denkmalpflege Landshut und dem Kreisarchäologen des Kreises Straubing-Bogen im Rahmen eine Rettungsgrabung wissenschaftlich untersucht. Die ältesten Funde dieser Grabung datieren auf 3500 v. Chr., in die sogenannte Altheimer Gruppe. Die Menschen dieser Zeit haben uns die Reste einiger Häuser, aber auch einen Teil ihres Abfalls hinterlassen. So konnten solche Reste aus einer besonders gut erhaltenen Grube zu mehreren fast ganzen Gefäßen rekonstruiert werden. Dieselbe Grube barg einen Teil des damaligen Werkzeugspektrums: ein geschliffenes Steinbeil, Klingen aus Feuerstein und ein Knochenmeißel.

Aus der Zeit um 2500 v. Chr. stammen zwei Gräber: Eine Frau und ein Kind sind in der für diese Zeit typischen Weise auf der Seite liegend in hockender Stellung beigesetzt worden. Zu beiden Gräbern gehören Keramik- und Steinbeigaben.

Weitere Funde weisen in der Zeit ab 2300 v. Chr. in der der Gebrauch von Metall bekannt wurde. Besonders die Spätbronzezeit (1300-800 v. Chr.) ist in dieser Grabung stark vertreten. Es konnten die Reste mindestens zweier Pfostenbauten und zahlreiche Gruben festgestellt werden. Aus der Latenezeit, der Zeit der Kelten, stammen einige Vorratsgruben. Darunter hat man sich glockenförmig in den Boden eingetiefte Gruben vorzustellen, in die man Getreide einfüllte und mit Lehm luftdicht abschloss.

Aus der Zeit des frühen Mittelalters (ca. 7. - 9. Jhd.) sind Reste eines Kalkofens und zwei Körpergräber in Rückenlage, die vermutlich auch dieser Zeit zugewiesen werden können, gefunden worden. Diese Funde sind wohl im unmittelbaren Zusammenhang mit der frühesten Erwähnung Aiterhofens zu bringen. Dieses Datum konnte so auch mit archäologischen Mitteln nachvollzogen werden.

Die Grabung Aiterhofen „Am Kirchsteig“ wirft ein Licht auf 5500 Jahre Aiterhofener Geschichte, und macht wiederum deutlich, dass die Menschen das Gebiet der Gemeinde zu jeder Zeit aufs Neue zu schätzen wussten.

Die Pfarrkirche St. Margarethen wurde im ersten Viertel des 13. Jahrhunderts erbaut. Auf dem Turm der Kirche befindet sich die älteste Glocke in Bayern (1325). 1846 wurde von Anna Fraundorfer das Kloster St. Josef der Franziskanerinnen in Aiterhofen gegründet, das seither für die Ausbildung und Erziehung junger Mädchen viel getan hat.

Im Zuge der Gemeindegebietsreform wurden in die Gemeinde Aiterhofen die früheren Gemeinden Geltolfing, Niederharthausen und der größte Teil von Amselfing eingegliedert.

Geltolfing (1031 im St. Emmeramer Rotulus urkundlich bezeugt) und Amselfing gehören ebenfalls zu den ältesten Siedlungen: Geltolfing war Hofmark und hatte eine Schlossanlage.